मेकेदातु जलाशय परियोजना को लेकर कर्नाटक और तमिलनाडु कांग्रेस के बीच मतभेद सामने आए हैं। कर्नाटक कांग्रेस जहां परियोजना के निर्माण का समर्थन कर रही है, वहीं तमिलनाडु कांग्रेस इसका विरोध कर रही है। तमिलनाडु कांग्रेस नेता मणिकम टैगोर ने आशंका जताई कि परियोजना से डेल्टा क्षेत्र के किसानों की आजीविका प्रभावित हो सकती है। उन्होंने केंद्र सरकार से तमिलनाडु की सहमति के बिना परियोजना को मंजूरी नहीं देने की अपील की।